iOSは9.3.2からアップデートされていませんが、キャリア設定プロファイルだけがアップデートされました。
IIJでの確認では既存サービスへの影響は無いとのことです。
キャリア設定アップデート
iPhoneで「設定」アプリを開き、「一般」「情報」と進むとこのように表示されます。
IIJでの確認ではアップデートしても問題無いとのことです。
週末からiPhone/iPadに新しいキャリア設定「ドコモ24.2」「24.1」が降っています。内容を確認しましたが、「設定」→「電話」→「ドコモサービス」の中やブックマークにあるドコモサービス用URLの更新のみでした（弊社サービスには無関係）。安心してアップデートいただけます。
— IIJmio (@iijmio) 2016年5月23日
iTunesでも
iTunesにiPhoneを接続した場合もアップデートするかを聞いてきます。問題ありませんのでアップデートしてください。
まとめ
今回の変更はドコモのサービスへの誘導の変更のみだったようです。最近は、ドコモ系列のMVNOではキャリア設定プロファイルによる問題は発生していませんので大丈夫だと思われますが、新しいプロファイルが公開されても確認が取れるまでアップデートは待った方が無難です。
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